Seit 1993 führt Bauer selbst Regie und hat seitdem zahlreiche Dokumentarfilme fürs Fernsehen realisiert. Dabei arbeitete er meist mit der Tangram Filmproduktion zusammen, die sein Bruder Christian Bauer 1989 gegründet hatte. 1997 entstand der Film Lokalderby über die Rivalität der beiden Münchner Fußballclubs FC Bayern München und 1860 München. Für die Sendereihe Unter Unserem Himmel des Bayerischen Fernsehens hat er zusammen mit dem Kameramann Klaus Lautenbacher in Filmen wie Die Sennerin und Die Schneeschöpfer die Menschen der alpenländischen Heimat mit Witz und Gefühl porträtiert. Dabei beschäftigte er sich vor allem mit dem Problem der Hofübergabe an die nächste Generation und der Situation junger Landwirte. 2004 entstand der Film Bossa Nova über die brasilianische Musik der 60er Jahre, der beim Music Doc Fest von Rom ausgezeichnet wurde. Für seinen Film Domspatzen erhielt er 2009 den Bayerischen Fernsehpreis.

Matti Bauer war von 2002 bis 2005 im Vorstand der Arbeitsgemeinschaft Dokumentarfilm AG DOK, Delegierter der Verwertungsgesellschaft Wort und ist Mitglied im Verein Internationales Dokumentarfilmfestival München. Er lebt in München.

Sein Film STILL kam 2014 in den Kinos und ist jetzt auch als DVD erhältlich.

THE BRAZILIANIST ist ein Film in Vorbereitung. 30 Jahre nach seinem Aufenthalt in Brasilien besucht der Filmemacher wieder die Indianer, die er als Student der Ethnologie "erforschen" wollte. Wer damals wen erforschte, warum das Projekt misslang und was aus den Indianern in all den Jahren wurde, ist das Thema dieses Films. Ein Essay über eine seltsame Wissenschaft, über politisches Engagement in einer Zone von Landkonflikten und über das Fortbestehen einer bedrohten Kultur.