Matti Bauer studierte Völkerkunde und Portugiesische Philologie an der LMU in München. Von 1978 bis 1988 unternahm er Forschungsreisen zu Indigenen in Amazonien und Zentralbrasilien. Parallel dazu begann Bauers Tätigkeit im Dokumentarfilm. Als Editor arbeitete er für die Regisseure Peter Buchka, Jörg Bundschuh, Bertram Verhaag, Hans Beller und Christian Bauer.

Seit 1993 hat Matti Bauer zahlreiche Dokumentarfilme fürs Fernsehen realisiert. In Zusammenarbeit mit der Tangram Filmproduktion, die sein Bruder Christian Bauer 1989 gründete, entstand 1997 der Film LOKALDERBY über die Rivalität der Münchner Fußballclubs FC Bayern München und 1860 München. Für die Sendereihe Unter Unserem Himmel des Bayerischen Fernsehens hat er zusammen mit Kameramann Klaus Lautenbacher in DIE SENNERIN und DIE SCHNEESCHÖPFER die Menschen des Alpenlandes mit Witz und Gefühl porträtiert. Dabei beschäftigte er sich vor allem mit dem Problem der Hofübergabe an die nächste Generation und der Situation junger Landwirte. 2004 entstand der Film BOSSA NOVA über die brasilianische Musik der 60er Jahre, der beim Music Doc Fest von Rom ausgezeichnet wurde. Für seinen Film DOMSPATZEN  erhielt er 2009 den Bayerischen Fernsehpreis. Sein Film STILL, die Langzeitstudie über eine junge Bäuerin, gewann 2013 den Preis des Fünf-Seen-Filmfestivals, kam 2014 in die Kinos und war im selben Jahr einer der erfolgreichsten deutschen Dokumentarfilme.

Matti Bauer war von 2002 bis 2005 im Vorstand der Arbeitsgemeinschaft Dokumentarfilm AG DOK und ist Delegierter der Verwertungsgesellschaft Wort. Er wurde in Dießen am Ammersee geboren und lebt in München.

THE BRAZILIANIST ist ein Film im Werden. Fast 40 Jahre nach seinem Aufenthalt in Brasilien besucht der Filmemacher wieder die Karajá, die er schon als Student der Ethnologie kennengelernt hat. Ob er die Indigenen oder sie ihn erforschten, darum geht es in diesem Film, der vorerst nur im Kopf des Filmemachers sein Unwesen treibt. Eines Tages, so die Hoffnung, wird dieser Essay über eine seltsame Wissenschaft, über politisches Engagement in einer Zone von Landkonflikten und das Überleben indigener Kultur auf der Leinwand zu sehen sein.